”Amalies Ark”har en ydre handling drevet af den unge lovende cellist Amalie Thing Helseth (15 år). Hun er en af Norges mest lovende unge klassiske udøvere. Men det vigtigste i filmen er hendes engagement i verden rundt hende og særlig hendes engagement i klimasagen. Hun nægter at acceptere at både hun og fremtidige generationer vil vokse op i en verden, som bliver mere eller mindre ubeboelig på grund af den klimakrisen, som ingen ved, hvor ender.
Musik inviterer helt naturligt til en anderledes struktur i filmen – ikke en strengt kronologisk handling, men en handling som i højere grad er båret af følelserne end situationernes faktiske placering i tid. Hver eneste scene skal forsøge at formidle hendes engagement i klimaet og hendes dybeste lidenskab, nemlig musikken, som hele tiden vil være integreret i hendes arbejde for miljøet.